На рубеже XVIII-XIX вв. Судакская крепость привлекла внимание историков и археологов. Деятели культуры и науки неоднократно выражали обеспокоенность судьбой этого выдающегося исторического памятника. Предпринимались попытки наладить его охрану. В 1864 и 1865 гг. Судак посетила российская императрица Мария Александровна и благодаря ее протекции в 1868 г. Судакская крепость была передана в ведение Императорской Археологической Комиссии, которая поручила заведование памятником Одесскому обществу истории и древностей.
Таким образом, Судакская крепость стала одним из первых государственных историко-архитектурных заповедников на территории Российской империи. Первоочередные противоаварийные и ремонтные работы в крепости были проведены уже в 1890-х годах на средства, предоставленные Александром Львовичем Бертье-Делагардом.
После революции 1917 г. и гражданской войны в Судаке был создан историко-археологический музей, который с 1926 г. становится филиалом Государственного исторического музея (г.Москва). Были начаты регулярные археологические исследования.
С 1958 г. Судакская крепость передается в ведение Государственного архитектурно-исторического заповедника «Софийский музей» при Академии строительства и архитектуры УССР. Уже в 1959 г. на объектах музея «Судакская крепость» начали производить выборочные ремонтно-реставрационные и консервационные мероприятия. С 1968 г. по специально утвержденной Госстроем УССР программе, рассчитанной на 25 лет, начались комплексные архитектурно-натурные исследования, разработка проектов и проведение ремонтно-реставрационных работ под руководством известного архитектора-реставратора Елены Ивановны Лопушинской. Эти мероприятия позволили сохранить и частично воссоздать облик фортификационных сооружений Судакской крепости генуэзского периода как целостного средневекового архитектурного комплекса.
1 августа 2014 г. на базе музея было создано Государственное бюджетное учреждение Республики Крым «Музей-заповедник «Судакская крепость», находящееся в ведении Министерства культуры РК. С начала 2015 г. в состав музея был включен еще один объект – т.н. Дача Функа, где располагается экспозиция Судакского исторического музея.
С 60-х гг. ХХ в. Судакская крепость функционирует как мощный музейный комплекс и признанный объект познавательного туризма. В последние несколько десятилетий его ежегодно посещает более 200 тыс. туристов.
